Limpeza das partes moles
A menos que se pretenda manter o animal para estudos de sua anatomia, as partes moles devem ser completamente retiradas. Quando não removidas completamente produzem mau cheiro, acúmulo de insetos e degradação da concha. Em conchas com brilho como Cypraea e Marginella qualquer resto de animal pode manchar o nácar de forma irreversível.

Gastropodes - Para retirar as partes moles devem-se utilizar algumas ferramentas como exploradores dentários (cureta), arames, agulhas ou até garfos dependendo do tamanho da concha. O ideal é que estas ferramentas tenham formato de gancho para segurar o animal e extraí-lo da concha. Deve-se segurar o animal pelo pé, parte mais externa do animal, e girar no mesmo sentido das voltas da concha.

Após remover completamente as partes moles, utilizar um jato de água para lavar a concha internamente e remover qualquer pedaços restantes. Utilize uma mangueira fina ligada a torneira. Posicione a concha contra uma lâmpada para certificar-se que está completamente limpa. Deve-se utilizar este processo até obter sucesso.

Algumas conchas de gastropodes possuem o opérculo. Após retirar o animal, com o auxílio de uma lâmina afiada cortar todas as partes moles aderidas a ele e reservar para colar posteriormente.

Ferramentas básicas de limpeza. Arame, pinças, agulhas e outros objetos são adaptados conforme a necessidade.	Com cuidado, segurando o animal pelo pé e com uma pequena rotação retira-se o animal
A maior parte do animal deve ser removida. Algumas partes que estão alojadas mais profundamente na concha e que são mais moles, normalmente se quebram e não podem ser 'pescadas'. Posteriormente com um jato de água estas partes devem ser eliminadas. Acondicione adequadamente as partes moles em saco bem fechado e jogue fora evitando o aparecimento de moscas. Caso o lixo tenha que permanecer por alguns dias, é aconselhável utilizar jornal para embrulhar o saco. Somente papel consegue segurar o odor - não adianta envolver com 20 sacos plásticos.
Se a concha possui opérculo, retire as partes moles e reserve	Com o auxílio de uma lâmina afiada, corte na junção do apérculo com o pé do animal

Bivalves - Com a conservação em alcool as valvas geralmente ficam ainda mais fechadas. O animal possui um ou dois músculos que mantém as valvas fechadas, assim para iniciar a limpeza estes músculos devem ser cortados. Deve-se utilizar uma lâmina bastante delgada, inserindo entre as valvas com cuidado para não quebrar as bordas (e não cortar seus dedos!), e deslizar por toda a extensão das valvas. Assim que os músculos são cortados pode-se perceber que as valvas se abrem. Aí é só raspar o resto de carne nos locais onde os músculos estão aderidos.

Com bastante cuidado introduza uma lâmina entre as valvas e corte por toda a extensão da concha

Com o corte dos músculos as valvas se abrem. Aí é só raspar as partes moles

Dica: os bivalves são facilmente limpos, logo após a coleta mantenha-os em água doce por algumas horas ou durante uma noite para retirar o animal com facilidade. Geralmente as valvas se abrem rápido. Com os bivalves de água doce, mantenha por algumas horas fora da água e limpe em seguida.

Chitons - Algumas pessoas preferem mantê-los na coleção sem animal. Sua limpeza é bastante difícil e é necessária uma boa técnica e experiência para fazê-lo de maneira a não danificar o espécime. O maior problema está no fato do animal se enrolar como os 'tatuzinhos de jardim', é aí que normalmente se danifica a concha na tentativa de deixá-lo extendido. A preparação para limpeza se inicia logo após a coleta, quando deve-se utilizar uma das seguintes técnicas: levar a geladeira o animal em um pote de fundo plano somente úmido com água do mar, deixando passar a noite; ou estendê-lo logo após a coleta em uma superfície plana, colocar algumas folhas de papel sobre ele com algum peso, deixando passar a noite. Caso fique em um hotel com ar condicionado bastas deixar os animais em uma vasilha grande e plana só úmida com água salgada por uma noite. Se puder deixar em um lugar abrigado longe dos olhos de curiosos deixe por alguns dias. Após um destes procedimentos, utilizar uma lâmina para raspar as partes moles caso desejar. Se quiser preservar o animal mergulhe em álcool com glicerina (50%).

Scaphopodes - Não passam por esta fase para a remoção das partes moles, devido o acesso interno da concha ser muito pequeno. Apenas na lavagem é que as partes moles são retiradas com o auxílio do jato de água.

Microondas: Em alguns casos o uso do microondas pode ajudar na limpeza. Antes de tentar limpar tudo o que coletou faça alguns testes variando tempo e potência. Algumas conchas são lipas com facilidade, outras simplesmente podem "emborrachar". O importante é nunca colocar uma concha que já esteja com o animal em putrefação, a menos que não se importe em ficar sem usar o aparelho por algumas semanas até que o cheiro saia.

Atenção: nunca cozinhe as conchas em água para retirada das partes moles. Isso além de endurecer o animal, promove a perda de coloração da concha e pode produzir trincas devido ao calor.

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